Do ngày càng đông người đến, bà con đã dựng chợ với nhiều lều, quán sầm uất, chợ búa diễn ra suốt cả ba buổi trong ngày nên cái tên Chợ Quán ra đời thay thế cho những tên gọi trước đó. Nhà thờ Chợ Quán cũng song hành cùng lịch sử phát triển của vùng đất Sài Gòn - Gia Định hơn 300 năm qua và trở thành nhà thờ cổ nhất của Sài Gòn…
Nhiều tin đồn lưu truyền cho rằng nhà thờ được xây dựng từ năm 1672 nhưng không có tư liệu cụ thể nào cả, chỉ có thể xác nhận chính thức từ năm 1720 bởi lúc đó họ đạo Chợ Quán mời cha Quintaon từ Đồng Nai lên giúp và ngôi nhà thờ đầu tiên đã được dựng lên.
Tám bận xây nhà thờ
Trong vòng 100 năm sau đó nhà thờ liên tục phải xây lại từ đống tro tàn do bị phá hủy bởi chiến tranh (như bị quân Chân Lạp phá trong cuộc tấn công vào Sài Gòn năm 1731, cuộc giao tranh giữa quân Tây Sơn và nhà Nguyễn năm 1782) hoặc theo lệnh của vua nhà Nguyễn (lệnh cấm đạo của Võ Vương năm 1750, của vua Minh Mạng sau khi đàn áp Lê Văn Khôi nổi dậy thành Phiên An năm 1835 khiến mọi thứ lại trở thành bình địa mặc dù ngôi nhà thờ này trước đó đã được vua Gia Long gửi tặng gỗ và cho voi đến đầm mặt bằng).
Đến năm 1882, cha Hamm quyết định cho xây nhà thờ mới là ngôi nhà thờ tồn tại đến bây giờ. Để xây nhà thờ này, đất làm nền được xe bò chở đến từ Bàu Sen gần đó - nay ở đường Nguyễn Trãi (những thông tin trước đây về việc chở cát từ Bàu Trắng về xây nhà thờ là không chính xác vì Bàu Trắng cách Sài Gòn tới mấy trăm cây số). Nhà thờ xây mất đến 14 năm, qua sáu đời cha sở mới xong cơ bản và vẫn tiếp tục được bổ sung sau này. Trong số các cha sở tham gia xây dựng có cha Errar Y là người đã từng xây các nhà thờ Tha La, Tân Triều, Bến Gỗ, Bãi Xanh và Bà Rịa nên có khá nhiều kinh nghiệm, tiếc là sau đó cha bị bệnh nặng phải về Pháp, không thể tiếp tục công việc.
Để tưởng nhớ công ơn người đặt nền móng cho ngôi nhà thờ, thi hài của cha Hamm được mai táng trong nền thánh đường, ngay trước bàn thờ Đức Mẹ.
Bên trong nhà thờ.

Mộ cha Hamm trên hàng ghế đầu.
 
Một tượng nhỏ trong nhà thờ. 
Cho voi kéo chuông lên tháp
Kiến trúc cửa chính và tháp chuông nhô ra nên thoạt nhìn bề ngoài có cảm giác nhà thờ Chợ Quán không quá to lớn nhưng bước vào trong người ta phải ngỡ ngàng với độ rộng của nó. Bề ngang đặt bốn dãy ghế dài và hai dãy ghế nhỏ đủ chỗ cho 1.500 giáo dân dự lễ. Nhà thờ được xem là quy mô nhất của khu vực Chợ Lớn, được xây theo phong cách Gothic phổ biến với các mái vòm nhọn, với nhiều mái vòm kết nối liên tục tạo cảm giác thánh đường rất dài.
Nội thất được thiết kế màu sắc đơn giản, thậm chí các cửa sổ không lắp tranh kính màu như nhiều nhà thờ khác mà chỉ lắp kính trắng bình thường (lý do những tranh kính màu cũ đã bị hư hỏng mà chưa tìm được người có khả năng phục chế nên cha sở đã thay tạm kính trắng chờ có dịp phục chế sau này). Tuy nhiên, khi chiêm ngưỡng các đường chỉ xám tinh tế trên nền trắng của mái vòm và tường, chúng tôi đều cảm nhận được vẻ đẹp trang nhã mà không kém phần trang trọng trong không gian nội thất nhà thờ Chợ Quán.
Khi khánh thành năm 1896, nhà thờ vẫn chưa có đầy đủ chuông như bây giờ mà tiếp tục bổ sung nhiều hạng mục khác dần sau đó. Những quả chuông được đặt đúc từ Pháp và vận chuyển về Việt Nam bằng tàu thủy. Do thời điểm đó điều kiện kỹ thuật còn khó khăn nên để kéo chuông lên tháp, người ta không dùng phương tiện máy móc hay sức người mà chọn cách sử dụng tới năm con voi buộc dây lần lượt kéo từng quả chuông lên.
Tháp chuông tại nhà thờ Chợ Quán có ba tầng, gồm tầng kéo chuông, tầng đặt chuông và tầng áp mái. Năm quả chuông chỉ được gióng cùng lúc khi có sự kiện đặc biệt quan trọng, còn ngày thường chỉ gióng hai chuông, hai chuông khác cho ngày lễ và chiếc chuông cuối cùng để báo tử. Đến nay chiếc chuông lớn nhất theo thời gian đã bị nứt nên dù trải qua nhiều lần tu sửa tháp chuông vẫn không có cách khắc phục sự cố này, sau này chỉ còn bốn quả chuông được sử dụng.
Do tháp chuông khá cao, đứng trên tháp có thể nhìn thấy bao quát khu vực quận 5 nên mỗi khi tiếng chuông gióng lên đều ngân vang rất xa và rõ trong không gian.
Rất nhiều người nổi tiếng đã chọn nhà thờ Chợ Quán làm nơi cử hành thánh lễ hôn phối vì khuôn viên đẹp rộng lớn, có cây xanh bóng mát tỏa ra.
Cuộc chỉnh trang gần nhất
Dự án kéo dài đường Phan Văn Trị, quận 5 sẽ cắt qua tòa nhà mục vụ cũ và phòng hài cốt. Dù không được nhận bồi thường nhưng nhà thờ vẫn chuẩn bị phương án giải tỏa mặt bằng và xây lại tòa nhà mục vụ mới để chuyển toàn bộ hơn 2.800 bộ hài cốt về cùng các lớp học tình thương và phòng phát thuốc miễn phí cho bệnh nhân nghèo. Hai năm chờ giấy phép xây dựng và mới đây cha Nhạc đã báo tin cho chúng tôi biết hồ sơ đã được phòng thẩm tra Sở Xây dựng duyệt và sẽ sớm được cấp phép, như vậy thêm một công trình có phong cách kiến trúc hài hòa với nhà thờ chính sẽ sớm được xây dựng và phục vụ cho những giáo dân Chợ Quán.
PHẠM TRƯỜNG GIANG